Wie schon im ersten “Assassins Creed”-Teil beginnt die Story in Masyaf. Ezio begibt sich zur Assassinen-Festung, um nach einigen geheimen Informationen zu suchen, über die einst Altair verfügte. Allerdings wurde das Gebiet von Templern überrannt.
“Er geht zurück nach Masyaf, um nach Antworten zu suchen”, so Creative Director Alexandre Amancio. “Er versucht, die Bibliothek zu finden, um mehr über seinen Auftrag zu erfahren. Auf dem Weg dorthin folgt er den Spuren von Altair. Was wie eine Wallfahrt beginnt, entwickelt sich zu einem Wettlauf gegen die Zeit.”
Ezio kann die Mission nicht beim ersten Besuch abschließen, aber er wird am Ende des Spiels zurückkehren, sobald er jedes Stück des Puzzles gesammelt hat. Falls es ihm gelingt, sich das Wissen Altairs anzueignen, wird Masyaf wahrscheinlich der Ort sein, an dem ihr mehr über das “Assassins Creed”-Mysterium erfahrt.